טווחי השכר של בוגרי התכנית נקבעים בהתאם לתואר שנרכש במסגרת תכנית הצוערים ואשר איתו נכנסו להשמה (ובהתאם לכך קבועה טבלת השכר בחוזה שלהם). ולכן, קבלת תואר נוסף במהלך תקופת ההשמה אינה יכולה לזכות בשינוי רמת השכר. עם זאת, לתואר נוסף יש יתרונות עתידיים כגון הקלות מסויימות בדרישות סף במסגרת התמודדות על מכרזים או השפעה על השכר בתפקידים הבאים.