שכר הבוגרים הינו במודל חוזה אישי סכומי. לפני הסברים, רגע של היסטוריה:
החל מתחילת התכנית (שנת 2014), הועסקו הבוגרים בחוזה אישי-דירוגי ייעודי לצוערים, שהתבסס על דרגות השכר של חוזה המח"ר הנהוג בשירות המדינה. עם זאת, בשונה מהנהוג במגזר הציבורי, לא ניתן היה להתקדם בדרגות השכר עם השנים, ושכר הבוגרים נותר קבוע במשך כל ארבע שנות ההשמה.
ב-2018 הוחל מודל שכר חדש לפיו בוגרי התכנית זכאים לעלייה בדרגת שכר לאחר שנתיים ולאחר ארבע שנים בהשמה.
ב-2021 הוסב שכר הצוערים לחוזה אישי סכומי – כלומר השכר אינו מבוסס יותר על מתח דרגות, אלא בחוזה מוגדר סכום שיקבלו בוגרי התכנית כשכרם. גם במודל הסכומי, כמובן, הבוגרים זכאים לעלייה ברמות השכר עם התקדמות תקופת ההשמה (בוגרי תואר ראשון – העלאת שכר לאחר שנתיים ולאחר ארבע שנים בהשמה; בוגרי תואר שני ובוגרים המושמים ברשויות בתמרוץ – העלאת שכר כל שנה).
החוזה לפיו מועסקים בוגרי התוכנית הוגדר ע"י משרד הפנים והממונה על השכר באוצר, והוא מוכתב לרשויות בלי האפשרות לבצע בו שינויים למעט תנאים נלווים (כמפורט בחלק של תנאי ההעסקה).